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洁净车间的环境洁净度要求，除了空气尘埃粒子数量控制以外，特定行业如医疗制药、食品饮料制造业的洁净车间，还需要对洁净车间内部的微生物进行测定。通常来说，车间中空气悬浮微生物的测定方法有空气悬浮微生物法和沉降微生物法两种，也即是常说的浮游菌和沉降菌检测。
浮游菌检测法是利用采样器收集悬浮在空气中的微生物粒子于专门的培养基上；而沉降菌测定法，是采用直径90MM的培养皿，在采样点上利用自然沉降原理沉降30分钟进行采样。把采集到的的基片（或平皿）经过恒温箱内37℃、48H的培养生产菌落后进行计数。所使用的的采样器皿和培养液必须进行消毒灭菌处理，采样点可以均布或取代表性位置。浮游菌法采样点数可与测定空气洁净度测点数相同，采样时间应根据空气中微生物浓度来决定。
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