现代工业洁净室的空气消毒方法, 主要有紫外线消毒、空气过滤、臭氧和熏蒸消毒以及静电吸附等，往往在设计洁净车间时会采用一种到两种来控制洁净空间内的微生物含量。采用臭氧消毒是主要方法之一，对大部分洁净车间具有普适性。臭氧有较好的扩散性, 臭氧消毒具有消毒效果持续时间长和消毒无残留和无死角的优点,能够有效的杀灭空气中的微生物。臭氧杀菌受温度、湿度和浓度作用的影响较大, 通常情况温度低和湿度大的环境下的臭氧杀菌效果较好。

臭氧在常温下15～20分钟后分解，臭氧在200摄氏度下几乎瞬间分解，所以臭氧消毒的温度越低就越好。此外，臭氧在湿度越高的环境下消毒效果越好。有论文显示：在室温 2 5℃、相对湿度为 4 0 %和 70 %条件下 ，同样开机消毒 2h：,对白色念珠菌的杀灭率从 86.0 %提高到 99.93%。在相对湿度为 4 0 %时 ,开机消毒 6h不能破坏HBsAg抗原性 ;相对湿度提高到 70 % ,HBsAg抗原性可完全被破坏。温度低，湿度大则杀灭效果好，尤其是湿度，相对湿度小于45%，臭氧对空气中悬浮微生物几乎没有杀灭作用。在60%时才逐渐增强，在95%时达到最大值。臭氧浓度的取值，根据《消毒技术规范》及实际应用经验，三十万级取N=5mg/m3；十万级取N=10mg/m3；万级取N=30mg/m3；百级取N=40mg/m3。 （1PPM等于2.14mg/m3）。

具体的消毒时间，可以根据洁净车间大小以及洁净度等级要求来进行确定。臭氧消毒虽然有其自身的优点,但它对物体表面的微生物难以有效的清除, 因此洁净车间的清洁还需要对车间内物体表面进行定期拭擦清洁消毒。另外，臭氧还对人体具有一定的刺激作用, 臭氧消毒必须在无人的环境下进行。