洁净室设计时，针对不用的洁净等级和温湿度要求，设计人员要计算净化空调负荷来进行净化机组的选型。这里的空调负荷一般包括夏季冷负荷与冬季热负荷。有人认为洁净室的空调负荷计算方法与一般空调负荷的计算方法相同，其实，是有许多区别的。

       许多设计参考材料中推荐的负荷估算指标，在工程实践中发现，这些估算指标比实际负荷是大很多的。 对于一些没有经验的设计人员，也许会受到估算指标的影响而不相信自己的计算数据，进而加大安全阈值量，或者干脆套用估算指标，这是非常不利的。 许多制药企业，他们的洁净室设计依照GMP规范严谨建造的，但常常感叹净化空调系统能耗太大了，难道是净化空调系统的错误吗？有学者发现，洁净空调系统无论是冷负荷还是送风量都是层层加码，导致机组、水泵、风机等容量偏大很多，有不少空调用户在最热月，实际用冷量是设计冷量的1/2 ~ 3/5 。净化空调比一般空调的能耗大是肯定的，但应大的有依据。当前，对净化空调的节能设计迫在眉睫。

       若是一股脑地把设计参考材料指标作为估算冷负荷的统计源，其数据必然大很多。所以，有经验的设计人员应相信自己的计箅，回访自己的用户，获得真实的冷负荷指标。对于各种书籍中相互复制的冷负荷估算指标，应该科学地理性对待，在工程设计初期估算造价时，可以参考，在施工深化阶段，应采用计算出的空调负荷选择净化机组设备。 目前有许多负荷计算的软件，使计算变得相对容易，在应用软件或手工计算负荷时，设计人员应了解净化空调与一般空调负荷计算的不同点，在计算洁净室负荷时应把围护结构的参数做一调整。

      洁净室的围护结构与一般空调的不同，它是在房子中套房子，外层房子就是土建结构，套入内层的房子是用符合洁净室装修要求的装修材料建造的，这种装修材料有快立墙板、轻钢加人造板、轻钢加经喷涂的电解钢板、还有彩钢夹心复合板等。这种两层围护结构建造成的洁净室，其建筑负荷很小，当内层材料的保温性能好时（如彩钢夹芯板），不透明围护结构引起的冷负荷可按稳态传热计算（特别适合于手算），在一些特殊情况下甚至可以忽略不计。